A Lagoa estende-se paralela à praia oceânica entre os cordões de dunas e a barreira central e sua mata nativa, com cerca de 35 km de comprimento e 1,5 km de largura, em média. As águas são rasas (10 a 60 cm), recebendo aporte dos banhados e do mar, através de uma barra que chega a ter 2 m de profundidade, tornando-a um grande criadouro natural do camarão-rosa (Penaeus paulensis).

Os ventos "empurram" as águas da Lagoa ao Sul e ao Norte, deixando grandes áreas secas. A riqueza das águas permite a imensa proliferação de microorganismos, dando suporte ao grande número de aves que buscama lagoa. Além dos maçaricos e batuíras, que comem organismos do solo, encontramos aves pescadoras como o talhamar e as andorinhas-do-mar, constantemente repondo a energia necessária.

A estabilidade e a preservação dos ecossistemas que margeiam a Lagoa são fundamentais para o equilíbrio da vida nesse ambiente especial.