Localizados nos extremos Sul e Norte do Parque Nacional, os banhados são reservatórios de água doce, que se enchem com as chuvas do inverno e liberam a água pouco a pouco aos outros ambientes nos períodos mais secos do ano.

Muitas espécies dependem diretamente dos banhados, como a capivara, que costuma procriar e viver nesses ambientes, e diversas aves, cada uma com seus hábitos alimentares, ninhos e locais preferenciais.

O desaparecimento desses ambientes prejudica diretamente espécies típicas, como o jacaré-do-papo-amarelo, que está ameaçado de extinção. Indiretamente, os ambientes que recebem suas águas adubadas com restos vegetais e detritos também seriam seriamente comprometidos.